最高人民法院再审认为：烟台冶金所与吉林设备厂签订的预氧化炉和沥青碳纤维碳化炉加工承揽合同以及1991 年7 月10 日签订的预氧化炉、碳化炉调试及付款协议，是双方当事人的真实意思表示，合同内容不违反法律规定，原审认定有效是正确的。1988 年12 月2 日，双方经协商签订的补充协议，吉林设备厂在盖章过程中将部分条款作了修改后，寄回了烟台冶金所，烟台冶金所接受了修改后的补充协议，没有提出书面异议，因此亦应认定该补充协议有效。再审判决作出的该协议在盖章过程中，吉林设备厂进行了单方修改，不是双方当事人的真实意思表示，因此无效，但在调整设备价格上无争议，应予支持的认定，将补充协议分成两部分，前半部分认定有效，后半部分认定无效，属认定事实不当，应予纠正。
烟台冶金所提出吉林设备厂调试的设备不合格，双方至今没有办理验收手续，并以阶段调试总结作为证据，因该总结没有吉林设备厂签字盖章，也无其他证据证明吉林设备厂收到阶段调试总结，因此，不能作为证据使用。按照合同约定，负责两台设备的安装调试是吉林设备厂的义务，从本院到设备现场勘验的情况看，预氧化炉密封能否达到设计标准、滚动网带跑偏问题，因设备存放时间过长，已无法确认。但预氧化炉炉底钢板出现裂缝、碳化炉差压变速器没有按照设计图纸型号安装问题是客观存在的，这种质量问题并不涉及设计是否合理，因为设计是否合理、设备制造完毕后是否具有生产价值不是吉林设备厂的义务。吉林设备厂的义务就是按照合同约定对设备进行制造、安装，调试合格后交付给烟台冶金所。虽然吉林设备厂对设备进行了多次调试，但是，双方没有办理设备验收手续，也没有其他证据证明其已将设备调试合格。吉林设备厂仅以烟台冶金所陆续支付设备款的行为，来证明设备已调试合格的理由缺乏证明力，因为向定做人交付合格的定作物是承揽人的义务，向承揽人按时付款是定作人的义务，两者享有的权利不同，承担的义务也不同。由于吉林设备厂无法提供设备调试合格的证据，因此，应认定吉林设备厂向烟台冶金所交付的设备不合格。两台设备因放置时间过长，已失去重新鉴定的条件，故吉林设备厂关于重新鉴定的请求，本院不予支持。再审判决以双方合作良好，没有办理验收手续为由认定吉林设备厂交付了合格设备，属于适用法律不当，应予纠正。