就在彭伯顿进入这所学校的时候，很多奉行汤姆森观点的学校都纠正了对山梗菜属植物的过分依赖而变得更加“折中”，这些学校更加关注其他草药的治疗功效，还注重学习其他传统医学知识。1850年，19岁的彭伯顿大学毕业，经过传统汤姆森式“蒸汽医生”的短暂实习后，他又去费城学习了一年的药剂师，之后在佐治亚州奥格绍普真正开始了他的药剂师生涯。在奥格绍普，他认识了被大家叫作“克利夫”的安娜?刘易斯。克利夫的爸爸是当地有名的农场主，并且还是一个干货商人。彭伯顿和克利夫于1853年完婚。1854年，克利夫生育了她的第一个也是唯一一个孩子查尔斯?彭伯顿。查尔斯是一个很帅气的、早熟的男孩子。由于彭伯顿夫妇二人都狠不下心来管教孩子，查尔斯被宠坏了。后来，克利夫的爸爸还以最低廉的价格“卖”两个奴隶给他们来帮助照顾查尔斯。
1855年，彭伯顿搬到了哥伦布市一个稍微大点儿的镇上。在接下来的14年里，他与许多合伙人一起进行了无数次成功的实验。在当药剂师的同时，他还顺便进行了一些包括眼外科在内的医学实验。不过，这期间他的主要收入来自于出售他的“专利产品”，比如“桑福德医生的补药”“尤里卡油”以及叫“南方兴奋剂”的非常备药酒。1861年春天，彭伯顿给克利夫的妈妈写了一封信，信里说他的生意已经开始蒸蒸日上了，6岁的小查尔斯也“学东西很快，如果你听到他会讲话了也会被吓一跳的。我每个星期都教他主日学校[1]的课程，让他了解我们的宗教思想”。在热情邀请岳母来做客的同时，他还顺便描述了一下他幸福的家庭生活以及刚刚种下地的20英亩玉米、土豆、甘蔗和西瓜。他还写道：“地球上最甜美的季节就是春天的安息日前夜，院子里枝叶繁茂，群芳斗艳，连空气都弥漫着香味。”以此表达他对大自然的热爱。