徐先生对明清史也作出过显著的成绩。30年代初，他在北平史语所工作时曾不辞辛劳投身于明清内阁大库档案的整理和编辑。做这项工作十分艰苦，要把一堆堆霉烂破碎的档案清理出来，必须经过去灰、铺平、分类、捆扎、处理剩余部分、裱褙、抄录副本等一系列程序，然后才能就选拣的档案，加以编辑。当时编成的《明清史料甲编》四本，第一本就是徐先生主持编辑的。本书内容为明代天启、崇祯和清代顺治、康熙等时代稀有的珍贵文献。他以亲身清理和研究这些档案的心得经验，发表了《内阁大库的由来及其整理》和《再述内阁档案之由来及其整理》两文，由于记叙翔实，分析精当，虽历时半个多世纪，它对利用这些档案的指导性和参考作用依然存在，所以1986年台湾“中研院”史语所出版的《现存清代内阁大库原藏·清代档案》第一册（张伟仁主编），还是把他所写的这两篇文章重印出来。他还写有《明初建州女真居地迁徙考》，对我国是多民族的统一国家，提供史实和佐证，也是很有价值的。
古文字的制作年代遥远，现代人要正确认识和了解它，是有一些困难的。他为了使这一专门之学能普及流传下来，直到晚年还雄心勃勃地推动后学继续努力，把火种传接下去。他除写了《怎样考释古文字》《怎样研究古文字》的文章，还自任主编，组织骨干编纂《汉语古文字字形表》《殷周金文集录》，还计划续编《两周金文集释》《甲骨文字典》等大型辞书。《汉语大字典》是国家的大型科研项目，他以老病之身，亦接受安排，出任主编。