司马迁任太史令后，便开始了《史记》的写作。可是不久，一场意外的灾难降临到他的身上。李陵败没匈奴，汉武帝召问时，他说了几句公道话。汉武帝疑心他是在讥刺宠臣李广利，于是将他逮捕入狱。在“家贫，财赂不足以自赎，交游莫救，左右亲近不为壹言”[17]的情况下，为了完成著史宏愿，他忍辱接受了宫刑。这一人生变故使他对封建政治和社会现实产生了一些新的认识，思想发生了很大变化。此后，他忍辱负重，以先贤的事迹激励自己，终于用毕生心血写成了千古不朽的历史巨著——《史记》。
除继承父亲遗志外，司马迁修史的更重要动机是要像孔子修《春秋》那样，实现以史书服务于社会的崇高目的。在《太史公自序》中，他说得很清楚：“太史公曰：‘先人有言：自周公卒后五百岁而有孔子，孔子卒后至于今五百岁，有能绍明世，正易传，继春秋，本诗书礼乐之际，意在斯乎，意在斯乎！小子何敢让焉！’”表白了他以孔子为榜样，修史以正世道人心的热切济世情怀和崇高史家责任感。
司马迁修《史记》，也是为了完成时代赋予的历史使命。此时汉统一大帝国已建立几十年，武帝时期在巩固大一统政权方面又取得了伟大的历史成就，客观上需要把它记录下来，作一古今比较，完成宣汉的历史使命。